Perché usare un linguaggio di markup?

  • Riproducibilità: permette di documentare e replicare analisi scientifiche

  • Automazione: genera report, articoli e presentazioni senza copiare e incollare

  • Flessibilità: esportazione in HTML, PDF, Word, e altro

  • Collaborazione: facilita il lavoro di gruppo e la condivisione dei risultati

Cos’è un linguaggio di markup?

  • Un sistema per strutturare e formattare testo con comandi testuali

  • Diverso da un word processor: il contenuto e la formattazione sono separati

  • Markdown è un esempio di linguaggio di markup semplice e leggibile

Come funziona?

  1. Scrivi il codice: un file di testo con sezioni in Markdown e blocchi di codice R

  2. Esegui il codice: genera risultati direttamente nel documento

  3. Compila il documento: scegli il formato di output (HTML, PDF, Word, presentazioni…)

Cosa faremo durante il corso?

  • Report dinamici con dati aggiornabili automaticamente

  • Presentazioni interattive con Reveal.js

  • Impostazione di un file per scrivere tesi e articoli in formato accademico (PDF, Word)

  • Esercitazione con presentazione finale

Impostazione di un progetto in RStudio

  1. Apri RStudio e vai su File -> New Project

  2. Scegli New Directory e poi Quarto Project o R Markdown

  3. Seleziona la cartella di destinazione e dai un nome al progetto

  4. Clicca su Create Project

Struttura di un file Quarto (.qmd) o R Markdown (.Rmd)

1. YAML (testata del documento)

Definisce il titolo, autore, formato di output e altre opzioni:

---
title: "Analisi dei dati"
author: "Nome Cognome"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

Tipi di output:

  • pdf_document
  • html_document
  • word_document

Altre opzioni:

  • subtitle
  • theme
  • fontcolor
  • fig-width
  • code-fold

2. Corpo del documento

Testo in Markdown (e Quarto) per strutturare il contenuto:

Titoli e sottotitoli

# Titolo principale
## Sottotitolo di primo livello
### Sottotitolo di secondo livello
#### Sottotitolo di terzo livello

Paragrafi e formattazione del testo

Questo è un **paragrafo di esempio** con testo in grassetto.

Si può anche usare *corsivo* o `testo con font monospaziato`.

Liste puntate e numerate

- Elemento 1
- Elemento 2
  - Sotto-elemento 2.1
  - Sotto-elemento 2.2

1. Primo punto
2. Secondo punto
3. Terzo punto

3. Blocchi di codice

Si usano per inserire codice ed eseguire analisi:


#| warning: false
#| include: false
#| eval: false
#| echo: false
summary(cars)
  • warning: se false, non fa vedere i warning del modello e/o funzione
  • include: nel repoprt o documento si vede oppure no l’ouput
  • eval: se true gira il codice, se false non gira proprio
  • echo: false -> non si vede il codice, se echo -> true si vede il codice che avete utilizzato

Per settare opzioni dei chunk in Quarto, in stile YAML, utilizzare #| all’inizio di riga dentro il chunk. In R Markdown invece inserire le informazioni dentro {r message = false, echo = false}

Inserire formule

  • Equazioni in una nuova riga: $$…$$
  • Equazione inline $…$

$$ Y = \beta_{0} + \beta_{1} X $$

\[ Y = \beta_{0} + \beta_{1} X\]

Esecuzione e rendering

  1. Per inserire i chunk Ctrl + Alt + I (Windows) Cmd + Option + I (Mac)
  2. Per eseguire i blocchi di codice, usa Ctrl + Invio (Windows) o Cmd + Invio (Mac)
  3. Per generare il documento finale, clicca su Render (Quarto) o Knit (R Markdown)

Applicazioni pratiche

  • Report dinamici con dati aggiornabili automaticamente
  • Presentazioni scientifiche interattive con Reveal.js
  • Scrittura di tesi e articoli in formato accademico (PDF, Word, LaTeX)
  • Dashboard e documentazione interattiva per la ricerca

Conclusione

  • R Markdown e Quarto semplificano la comunicazione scientifica
  • Strumenti potenti per creare documenti chiari, riproducibili e ben formattati
  • Indispensabili per una ricerca trasparente e collaborativa