Cos’è Github

• GitHub è un sito web dove teniamo i file dei nostri progetti.
• Permette di:
  • Salvare le diverse versioni dei file
  • Tornare indietro se qualcosa si rompe
  • Condividere e collaborare
  • Tenere sincronizzato il lavoro tra computer diversi

In questo corso useremo Github per gestire i file dei nostri progetti Quarto.

Cos’è Github Desktop

• GitHub Desktop è un programma che collegheremo a GitHub.
• Serve per:
  • Scaricare i file dal repository online
  • Salvare le modifiche e inviarle su GitHub
  • Aggiornare il progetto quando il docente cambia qualcosa
• Tutto questo senza usare il terminale.

È pensato proprio per chi non è informatico e vuole un’interfaccia grafica semplice.

Clonare la repository del corso

Per avere i file del corso sul proprio computer:

1. Andare su Github nel browser
2. Aprire la repository del corso
3. Cliccare sul pulsante Code
4. Selezionare “Open with Github Desktop”
5. Si aprirà Github Desktop
6. Scegliere la cartella sul computer dove salvare il progetto
7. Cliccare Clone

Ora avete una copia locale della repository e potete aprire i file .qmd con Quarto.

Il workflow principale (sempre lo stesso)

Ogni volta che modificate i file del progetto:

1. Aprite i file (es. .qmd) e fate le vostre modifiche
2. Salvate i file
3. Tornate su Github Desktop
4. Nella sezione Changes vedrete l’elenco dei file modificati
5. In basso, scrivete un breve messaggio di Commit
   • Esempio: Aggiunta sezione risultati
6. Cliccate il pulsante Commit to main (o nome del branch)
7. Poi cliccate Push origin

Così le vostre modifiche vengono inviate e salvate su Github.

Ricevere aggiornamenti dal docente

Se aggiorno i materiali del corso:

1. Aprite Github Desktop
2. Selezionate la repository del corso
3. Cliccate Fetch origin
4. Se ci sono novità, cliccate Pull origin per scaricarle

In questo modo la vostra cartella locale rimane allineata alla versione online.

Capire lo stato del progetto

In Github Desktop potete vedere a colpo d’occhio:

• Se ci sono file modificati (sezione Changes)
• Se ci sono commit da inviare su Github
• Se siete allineati con la versione online (dopo Fetch / Pull)

Vantaggi rispetto al terminale:

• Non servono comandi da ricordare
• Tutto è visibile con un’interfaccia grafica
• È più difficile “rompere” qualcosa per errore

Perché usare un linguaggio di markup?

• Riproducibilità: permette di documentare e replicare analisi scientifiche

• Automazione: genera report, articoli e presentazioni senza copiare e incollare

• Flessibilità: esportazione in HTML, PDF, Word, e altro

• Collaborazione: facilita il lavoro di gruppo e la condivisione dei risultati

Cos’è un linguaggio di markup?

• Un sistema per strutturare e formattare testo con comandi testuali

• Diverso da un word processor: il contenuto e la formattazione sono separati

• Markdown è un esempio di linguaggio di markup semplice e leggibile

Come funziona?

1. Scrivi il codice: un file di testo con sezioni in Markdown e blocchi di codice R

2. Esegui il codice: genera risultati direttamente nel documento

3. Compila il documento: scegli il formato di output (HTML, PDF, Word, presentazioni…)

Cosa faremo durante il corso?

• Report dinamici con dati aggiornabili automaticamente

• Presentazioni interattive con Reveal.js

• Impostazione di un file per scrivere tesi e articoli in formato accademico (PDF, Word)

• Esercitazione con presentazione finale

Impostazione di un progetto in RStudio

1. Apri RStudio e vai su File -> New Project

2. Scegli New Directory e poi `Quarto Project``

3. Seleziona la cartella di destinazione e dai un nome al progetto

4. Clicca su Create Project

YAML: opzioni principali

La testata YAML permette di definire:

YAML: tipi di output

• html_document
• pdf_document
• word_document
• revealjs
• pptx
• beamer

È possibile specificare più output in un solo yaml così che il documento venga renderizzato contemporaneamente in più formati.

Corpo del documento: Titoli e sottotitoli

# Titolo principale

## Sottotitolo di primo livello

### Sottotitolo di secondo livello

#### Sottotitolo di terzo livello

Corpo del documento: Paragrafi e formattazione del testo

Questo è un **paragrafo di esempio** con testo in grassetto.

Si può anche usare *corsivo* o `testo con font monospaziato`.

Questo è un paragrafo di esempio con testo in grassetto.

Si può anche usare corsivo o testo con font monospaziato.

Corpo del documento: Liste puntate e numerate

- Elemento 1

- Elemento 2

- Elemento 3

- Elemento 4

• Elemento 1

• Elemento 2

• Elemento 3

• Elemento 4

3. Blocchi di codice

Si usano per inserire codice ed eseguire analisi:

• warning: se false, non fa vedere i warning del modello e/o funzione
• include: nel repoprt o documento si vede oppure no l’ouput
• eval: se true gira il codice, se false non gira proprio
• echo: false -> non si vede il codice, se echo -> true si vede il codice che avete utilizzato

3. Blocchi di codice

```r

#| warning: false

#| include: false

#| eval: false

#| echo: false

summary(cars)

```

Per settare opzioni dei chunk in Quarto, in stile YAML, utilizzare #| all’inizio di riga dentro il chunk.

Inserire formule

• Equazioni in una nuova riga: $$…$$
• Equazione inline $…$

\[ Y = \beta_{0} + \beta_{1} X\]

Esecuzione e rendering

1. Per inserire i chunk Ctrl + Alt + I (Windows) Cmd + Option + I (Mac)
2. Per eseguire i blocchi di codice, usa Ctrl + Invio (Windows) o Cmd + Invio (Mac)
3. Per generare il documento finale, clicca su Render (Quarto) o Knit (R Markdown)

Applicazioni pratiche

• Report dinamici con dati aggiornabili automaticamente
• Presentazioni scientifiche interattive con Reveal.js
• Scrittura di tesi e articoli in formato accademico (PDF, Word, LaTeX)
• Dashboard e documentazione interattiva per la ricerca

Conclusione

• R Markdown e Quarto semplificano la comunicazione scientifica
• Strumenti potenti per creare documenti chiari, riproducibili e ben formattati
• Indispensabili per una ricerca trasparente e collaborativa